饲料原料经过发酵处理，大分子的营养物被分解为小分子营养成分，原料中被束缚的成分被释放出来，同时有益微生物产生多种代谢产物，这些成分更加适合动物吸收和进一步促进动物健康，现分别加以论述：
一、产生小肽和游离氨基酸
饲料发酵过程将长链结构的蛋白质分解为短链的小肽和游离氨基酸，有益微生物代谢过程产生小肽。游离氨基酸是没有形成聚合状态的单个氨基酸，小肽是聚合程度低的几个氨基酸合成体，小肽和游离氨基酸相比较原来的蛋白质，有着极高的使用价值，它们的作用可以分为两类：营养作用和功能性作用。小肽和游离氨基酸被吸收和合成动物蛋白质的效率高，合成能耗小，所以其营养价值更高；同时功能性小肽参与调解动物某些生理活动或具有某些特殊作用，比如发酵产生的免疫肽、抗菌肽、抗氧化肽、表皮生长因子等。
小肽的作用
小肽在肠道能与特殊受体结合，促进动物胃肠道的生长发育，提高胃肠道的消化吸收功能，部分小肽可被吸收进入血液循环系统，调节机体免疫机能，并通过生长轴调控动物生长，充分发挥动物的生长潜能。
1、参与机体免疫调节，提高机体免疫机能；
2、具有阿片肽活性，调节机体生理功能；
3、具有抗氧化作用；
4、促进氨基酸的吸收利用及机体蛋白质的沉积；
5、提高矿物质元素的利用率；
6、提高生长性能；
游离氨基酸作用
游离氨基酸是氨基酸利用的7.2倍，此外，生物饲料富含全面的游离氨基酸种类，如经微生物发酵后新增了甘氨酸、蛋氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、组氨酸、脯氨酸。生物饲料即丰富又全面的游离氨基酸更有利于动物的消化吸收，对于促进动物的消化吸收、抗病防病等方面具有重要作用。
二、富含有益菌
动物肠道中存在大量有害细菌，有益菌以乳酸杆菌和双歧杆菌及一些厌氧菌最常见，它们定植于肠道粘膜表面，与肠道粘膜细胞共同构成生物屏障，保护宿主抵御外来病害微生物的侵袭。然而，近年来抗生素作为饲料添加剂的大量使用，在抑制和杀灭病害微生物的同时，也抑杀了动物机体内正常共生的有益微生物菌群，破坏了消化系统微生态平衡。相反，有益菌的作用在于维护正常微生物菌群，通过不断补充有益菌，竞争性抑制病害微生物的定植、生长、繁殖，把消化系统失衡的微生物菌群调节为生态平衡。生物饲料生产过程中，先后加入酵母菌、杆菌及乳酸菌，这些有益菌利用原料中丰富碳源和氮源快速繁殖，形成优势种群，使生物饲料富含多种益生微生物。
三、富含维生素和核酸
生物饲料富含丰富的核(苷)酸和维生素营养。一方面核(苷)酸作为呈味物质，通过与呈味氨基酸的协同作用几何级数地放大呈味氨基酸的呈味作用，达到更佳的诱食效果。另一方面，核(苷)酸是幼龄动物处于亚健康或疾病状态动物的必需营养因子，丰富的核(苷)酸营养可满足动物快速生长、抗病、抗应激状态下对核苷酸营养的需求。再一方面，生物饲料富含多种维生素，在提高饲料营养成分利用价值的同时可减少饲料中维生素的额外添加。
四、富含免疫多糖和寡糖
寡糖类物质被认为是重要的肠道功能调节剂，一方面寡糖可显著降低盲肠和结肠大肠杆菌质量浓度，同时显著提高盲肠乳酸杆菌和双歧杆菌质量浓度，但对结肠乳酸杆菌和双歧杆菌影响不显著;另一方面寡糖的空间形态结构可以高效吸附霉菌毒素，减低饲料中霉菌毒素(黄曲霉毒素、玉米赤霉烯酮、呕吐毒素)对动物生长和繁殖性能的影响，经中国广州分析测试中心检测，生物饲料产品对黄曲霉毒素和玉米赤霉烯酮的吸附率分别为29.1%、96%。
五、富含酶、有机酸
在生物饲料生产过程中，益生微生物在快速繁殖的同时分泌多种酶和有机酸。一方面分泌的酶可将原料中的大分子蛋白质体外水解为小分子的氨基酸和小肽，提高营养物质的消化吸收率，例如益生微生物产生的酶可将植酸等抗营养因子水解，提高磷或者其他营养因子的利用率。另一方面生物饲料本身丰富的酶减轻了消化系统消化酶生产负担，提高消化系统效率。生物饲料中丰富的有机酸，可有效降低肠道pH值，抑制病原菌生长，促进益生菌生长繁殖。
六、抑菌类物质
饲料发酵过程产生抑菌类物质-细菌素，细菌素是一类具有活性的多肽或蛋白质，大部分细菌素对近缘关系的细菌有抑制作用，少数细菌素抑菌谱很广。乳酸菌素、苯乳酸等天然抑菌物质，可抑制大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等多种有害菌； 发酵饲料内的有机酸可降低肠道pH，改变肠道菌群生长环境，起到间接的抑菌作用。
总之，用微生物发酵的方法处理饲料过程提高了饲料的利用价值，直接或间接产生诸多有益活性成分，用于动物提高了饲养效果，降低了饲料成本，发酵饲料应用前景广阔。