目前对中药作用机理的研究虽然取得了一定进展，但因中药种类繁多、成分复杂，想要真正的认识、理解其作用的机制，不是一朝一夕的事。微生物发酵中药是近几年研究的热点，对于发酵提高中药药效、扩展作用功能等方面的机制阐述存在相当的难度，在此我们认为可以借鉴中药通过实践应用来探索、验证其作用效果的方法，加深对发酵中药作用功能的认识，加快在畜牧兽医生产上应用的步伐，更好的为发酵中兽药在畜禽绿色养殖中的推广应用服务。
中药经过益生菌的生物转化作用，临床应用效果明显提高。目前，在畜牧业应用较多的主要是固、液态厌氧发酵中药，经过在生产中的验证，其效果得到广大养殖企业和养殖户的认可，但是发酵如何提高中药的作用效果，很多人还只是有一个模糊的认识，在此，我们将对以往的科研成果进行简单整理，来阐述为什么发酵能提高中药的作用效果。
1 发酵能提高有效成分的溶出率
微生物在代谢过程中能产生多种酶，如纤维素酶、半纤维素酶、果胶酶、蛋白酶和植酸酶等，这些酶能够降解植物细胞壁和细胞间质，使细胞内的药用成分溶出的阻力减小。在药物提取方面，能够提高有效成分的提取率，减少资源浪费；在动物生产应用方面，经体外微生物处理过的中药，容易被直接吸收利用的有效成分比重增加，再加上动物肠道菌群和中药的互作作用，能更充分的发挥中药的药效。目前研究较多的如固态发酵黄芪，使黄芪多糖、甲苷等的提取率大幅提升；应用于试验动物（猪、肉鸡），生产性能、免疫功能较普通黄芪均明显提高。
2 发酵能提高中药的吸收率
中药，无论是粉散剂、颗粒剂还是口服液，在动物生产应用方面，其给药途径均为口服给药，生物利用度的高低直接影响到药物作用效果的好坏。一般药物经口服进入肠道后，首先要经过肠道菌群的降解、转化作用，将大分子物质降解为小分子或将前药转化为有效成分，才能够被机体吸收或发挥作用，因此效果表现相对较慢，这种情况在肉鸡生产和普通中药粉散剂应用方面表现的尤为突出。发酵中药是在体外模拟肠道微生物对中药的生物转化作用而制得，有效成分溶出率、小分子化程度较高，没有释放和不易吸收的部分经肠道菌群的二次发酵，能够充分的溶出和降解，最终达到吸收率高、效果迅速和作用功能提高的目的。例如苷类物质，经微生物酶系的降解作用，释放出药用部位苷元，使苷元浓度提高，达到增强疗效的目的。
3 发酵使中药产生新的物质和作用功能
中药所含的成分较为复杂，很多有效成分、作用功效和作用机理尚不清楚，而微生物具有强大的生物转化功能，中药成分经微生物发酵处理，能够产生新的药用成分和药效。例如用枯草芽孢杆菌发酵三七须根，对发酵产物进行分析发现有人参皂苷Rh4的存在，而三七本身是不含这种成分的。伴随发酵产生新的物质，特别是已经探明的药用成分，原药物的作用功能也随之扩展，例如大豆经发酵制成淡豆豉，具有发汗解表、发汗的功效，用于治疗感冒、寒热头疼、烦躁、胸闷等症。
4 双向发酵，协同增效
在微生物发酵中药过程中，一方面，经过微生物的生物转化作用能够提高中药有效成分的提取率、吸收率并产生生新的功能，从而提高中药疗效；另一方面，中药的某些成分如多糖、维生素和氨基酸等，能够促进微生物的生长繁殖，提高其生物活性及其代谢产物的含量。利用双向发酵制成的复合制剂，不但能提高作用效果、扩展药效，而且制剂中的某些组分表现为协同作用。例如乳酸菌、枯草芽孢杆菌等发酵三七、黄芪，一方面表现为三七苷元、黄芪多糖、黄芪甲苷等含量提高，另一方面表现为发酵产物中有益菌数量的大幅提升。发酵产物直接应用于实验动物，表现为增免、抗病毒等效果明显提高，同时还具有改善肠道功能、调整微生态平衡等作用。其他的如用含有中药成分的培养基发酵香菇、灵芝等也等到了较好的效果。
5 发酵能减轻某些中药的毒副作用
发酵在一定程度上能够减轻某些药物的毒性，扩大安全范围，提高药物的安全性。在此主要用一些事例来解释发酵炮制对中药的减毒作用。如半夏曲，是将半夏与面粉、姜汁等辅料混合，通过自然发酵制成的曲剂，制曲的目的是为了消除或缓和半夏的毒性，更加适合临床应用；现代药理研究也表明，用酵母菌发酵大黄能够减少结合性蒽醌的含量，从而起到缓和泻下作用和对胃肠道的不良反应；利用曲霉菌发酵雷公藤，减小其对心、肝、胃肠道等器官造成的损害。