基于抗生素的种种缺点，饲用抗生素替代品不断的推陈出新，概括起来，目前市场上的饲用抗生素替代品有如下5种：①有机酸；②酶制剂；③低聚糖类；④中草药类；⑤微生态制剂。在这5种替代品中，目前公认最有前途的就是微生态制剂产品。
一、有机酸
由于畜禽胃肠道内乳酸杆菌等有益菌适宜在酸性环境中繁殖，而病原菌生长的适宜pH大多呈中性或偏碱性，因此酸化剂可以通过降低胃肠道 pH值，从而抑制有害微生物繁殖，同时促进有益菌的增值。研究表明，乳酸、柠檬酸或冰醋酸等有机酸可以起到促进动物食欲、促进日增重和提高饲料转化率等功效。但使用有机酸给生产带来的问题必须考虑，如对设备、料槽等造成的腐蚀等，而且目前使用的有机酸添加剂大都成本较高。
二、酶制剂
酶制剂在饲料工业中的应用已经有几十年，饲用酶制剂主要功能为：补充动物（尤其是幼小动物）体内消化酶分泌量和功能的不足。酶的添加可增加消化道中酶浓度，提高日粮的消化率，可强化幼龄动物的消化功能。有消除或降低非水溶性多糖等抗营养因子的副作用，同时使营养物质易于被消化吸收。但从目前酶制剂的使用情况来看，对饲用酶的稳定性、有效性、安全性、不同种类的酶的配合以及对不同个体动物的具体使用方面还有很多的工作要做。
三、寡糖
寡糖又称寡聚糖、低聚糖，通常指糖单原通过糖苷键连接形成的直链或支链，聚合度为2～10的单糖基聚合物。一般具有低热、稳定、安全、无毒等良好的理化性能。目前饲料中常用的寡糖有果寡糖、甘露寡糖等。寡糖具有促进机体肠道有益菌的生长繁殖，直接吸附病原菌，增强机体免疫力，改进动物健康状况等功效。但目前来说，寡糖的作用机理、与其他营养素和天然寡聚糖的拮抗和协调关系、不同寡糖的组合对饲养效果的影响和动物种类、年龄、生理状态对寡糖作用的影响以及成本的控制都不同程度地影响了低聚糖的使用。
四、中草药
中草药作为饲料添加剂早有记载，但研究则从20世纪80年代开始。实践证明，中草药作为饲料添加剂具有促进食欲、增强抵抗力、防病治病等优点。据有关部门不完全统计，兽用中药和中药添加剂已有50多种。但大部分中草药都作用较慢，所需剂量较大，而且某些中草药类似抗生素，对体内有益菌及病原菌均有杀灭作用，另外适口性以及价格问题是中草药在饲料中应用需要解决的主要问题。
五、微生态制剂
微生态制剂是采用已知有益的微生物经培养、提取、干燥等特殊工艺制成的用于动物的活菌制剂。微生态制剂有助于扶持体内益生菌生长，拮抗致病菌繁殖，促进饲料消化吸收，提供营养，增强动物免疫功能，改善体内外生态环境。微生态制剂主要使用菌种有三类，乳酸菌类、芽孢菌类和真菌类，其中乳酸菌类被众多学者认为是最有前途的饲用抗生素替代品。但目前在我国用户对微生态制剂普遍存在信心不足的现象。究其原因，主要是前几年低质低效产品太多，目前市场上流通的产品也大都存在不耐热、易灭活、生物活性低的缺点，而且大部分乳酸菌都存在对不良环境抗性差的特点，所以开发高稳定性乳酸菌制剂是微生态制剂必然发展方向。
六、空气和环境净化相结合
由于抗生素不仅可以预防消化道类疾病，还有预防呼吸道等其他类型疾病的作用，所以其预防疾病的作用要大于以上几种替代品，再加上近年来我国养猪业中各类疫病都有上升的趋势，所以目前养殖者普遍对替代饲用抗生素都持有怀疑态度。在欧盟国家，在停止使用抗生素作为饲料添加剂后，由于增加了防治疫病的投入，养猪的生产成本提高8%～15%，饲料成本提高9.5～12.5美元/吨。美国类似的禁令将耗资12亿～25亿美元/年。
针对目前畜牧业中呼吸道疾病流行的现状，许多学者提出了综合治理养殖环境和使用替代品并行的方法来替代饲用抗生素，空气电净化是近年来应用于畜牧业的一项新技术，目前在美国已将该项技术推广应用于禽蛋孵化器中，对孵化器中病原微生物数量的控制及空气的净化有明显的效果，我国目前也有一些将空气电净化设备用于猪舍的报道。此外，俄罗斯有报道将抗菌涂料涂在猪舍内及围栏上，由此环境中的有害微生物大大减少，将环境治理和使用促生长替代品相结合将是未来替代抗生素的重要方向。